Во всем мире, где живут люди и их искусственные ассистенты - прокси, молодая любовница по имени Ре-Л Мейер старается сориентироваться в ненормальных событиях, происходящих в её изолированном городе. После того как прокси начинают инициировать убийства людей, Ре-Л оказывается втянутой в мрачные тайны, скрывающиеся за стенами её общества, и в поисках справедливости сталкивается с неясным созданием - Эрго Прокси. С каждой новой подсказкой Ре-Л понимает, что не всё так просто, и её собственная идентичность может оказаться под угрозой. Гадкие секреты, которые скрывают власти, ставят под сомнение само существование человечества, а сам город оказывается не таким безопасным, как казалось. Встретившись с Эрго Прокси, Ре-Л осознаёт, что её охота за истиной может привести к разрушительным последствиям ради лишь мнимого мира.